“全能神”等級分明，組織嚴密，名義上的最高權(quán)威“女基督”的主要工作只是負責說話，而“大祭司”趙維山才是真正的掌權(quán)者。他所負責的工作包括行政管理、安排各地的行政教務(wù)、差派工作，分配錢財，制定和監(jiān)督教規(guī)的執(zhí)行，及確定各地分部的領(lǐng)袖。
“大祭司”以下設(shè)“各部門領(lǐng)導(dǎo)”，主要是協(xié)助趙維山處理“教務(wù)”工作，并為他出謀劃策。
然后依次為“省級分部領(lǐng)導(dǎo)”、“區(qū)級領(lǐng)導(dǎo)”、“縣級領(lǐng)導(dǎo)”、“城鄉(xiāng)領(lǐng)導(dǎo)”。他們每10到20人分為一個“小組”，設(shè)組長一名；40人為一個“小排”，設(shè)排長一名。各排各組均有一名“上級”(從外地調(diào)來的“講道高手”)。自上而下，每層安排一名女性給該層的“男負責人享用”，“全能神”稱之為“過靈床”。
