“全能神”等級分明，組織嚴密，名義上的最高權威“女基督”的主要工作只是負責說話，而“大祭司”趙維山才是真正的掌權者。他所負責的工作包括行政管理、安排各地的行政教務、差派工作，分配錢財，制定和監(jiān)督教規(guī)的執(zhí)行，及確定各地分部的領袖。
“大祭司”以下設“各部門領導”，主要是協(xié)助趙維山處理“教務”工作，并為他出謀劃策。
然后依次為“省級分部領導”、“區(qū)級領導”、“縣級領導”、“城鄉(xiāng)領導”。他們每10到20人分為一個“小組”，設組長一名；40人為一個“小排”，設排長一名。各排各組均有一名“上級”(從外地調來的“講道高手”)。自上而下，每層安排一名女性給該層的“男負責人享用”，“全能神”稱之為“過靈床”。
